A Companhia de Jesus criou um noviciado em Lisboa destinado à formação dos seus noviços. A construção do edifício e igreja do noviciado, consagrados a Nossa Senhora da Assunção, foi patrocinada em 1587 por Fernão Teles de Meneses e a sua mulher D. Maria de Noronha. A primeira pedra foi lançada em 1603 e a ocupação começou em 1619. É de realçar que esta obra erguida na Quinta do Monte Olivete no sítio da Cotovia contou com o importante apoio de Pedro Lombardo.

A traça do noviciado da Cotovia tal como a da sua igreja, construída entre 1605 e 1616, ficou a dever-se ao arquiteto Baltazar Álvares, sendo caraterizada por ter dois claustros ladeando a igreja, por trás da qual corria um corredor.

O noviciado acabou com a extinção da Companhia de Jesus em 1759 tendo as suas instalações sido ocupadas pelo Real Colégio dos Nobres, fundado em 1761.

A Companhia de Jesus construiu a sua primeira casa professa em Portugal numa zona de olival fora da muralha fernandina de Lisboa, onde em 1515 se acabara de construir uma ermida consagrada a São Roque e onde desde 1554 se começou a erguer o chamado Bairro Alto.

Os Jesuítas receberam a ermida em 1 de outubro de 1553, instalando-se aí no dia seguinte vindos do colégio de Santo Antão-o-Velho. Foi sobre essa ermida que os jesuítas fizeram construir uma igreja. Depois de algumas controvérsias e hesitações a igreja foi traçada com uma só nave a partir de 1567/1568 tendo sido aberta ao culto em 1573, apesar de ainda não estar acabada. Paralelamente foi se erguendo a casa professa para a instalação dos padres à direita da igreja.

Em 1759, os jesuítas tiveram de abandonar a sua casa professa por ordem do Marquês de Pombal, que em 1768 a cedeu à Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, que a foi adaptando e desde então continua a ocupar.

A construção do Colégio de Santo Antão-o-Novo, inaugurado em 1594, respondia à necessidade de a Companhia de Jesus possuir um grande edifício para o seu programa educativo e religioso. Deveu-se à Condessa de Linhares a iniciativa da construção da sua grandiosa igreja, inaugurada em 1653 após quarenta anos de obras. A igreja foi destruída e apenas a sacristia chegou aos nossos dias.

Em 1769, dez anos após a expulsão dos jesuítas do país, o Marquês de Pombal determinou que no edifício se instalasse o Hospital de S. José, em substituição do Hospital Real de Todos-os-Santos, destruído por um incêndio em 1750 e pelo terramoto de 1755. Para o efeito, foi feita uma adaptação do espaço existente às novas funções, mantendo-se no essencial a estrutura primitiva. Em 1775 o novo hospital começou a receber doentes.

Primitivamente dedicada a Santo Antão, a primitiva igreja integrava o edifício doado pelo Rei D. João III, em 1542, à Companhia de Jesus, sendo a primeira casa própria da Companhia no mundo. Em 1553, foi aqui inaugurado o primeiro colégio dos Jesuítas em Portugal, chamado o Coleginho desde o momento em que o número de alunos exigiu a transferência para um edifício maior. Em 1950, a Paróquia de Nossa Senhora do Socorro foi transferida para esta igreja, após demolição da igreja antiga. O templo acolhe, além da imagem da padroeira, a venerada imagem de Nossa Senhora da Guia. São dignos de visita o claustro quinhentista e a sacristia, com o seu arcaz e os painéis de azulejos com um invulgar triunfo de Santo Agostinho e cenas da vida de Santo Antão.