A Companhia de Jesus construiu a sua primeira casa professa em Portugal numa zona de olival fora da muralha fernandina de Lisboa, onde em 1515 se acabara de construir uma ermida consagrada a São Roque e onde desde 1554 se começou a erguer o chamado Bairro Alto.

Os Jesuítas receberam a ermida em 1 de outubro de 1553, instalando-se aí no dia seguinte vindos do colégio de Santo Antão-o-Velho. Foi sobre essa ermida que os jesuítas fizeram construir uma igreja. Depois de algumas controvérsias e hesitações a igreja foi traçada com uma só nave a partir de 1567/1568 tendo sido aberta ao culto em 1573, apesar de ainda não estar acabada. Paralelamente foi se erguendo a casa professa para a instalação dos padres à direita da igreja.

Em 1759, os jesuítas tiveram de abandonar a sua casa professa por ordem do Marquês de Pombal, que em 1768 a cedeu à Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, que a foi adaptando e desde então continua a ocupar.

Tendo como primeiro padroeiro o 1º Marquês de Marialva, António Luís de Menezes, o Convento de São Pedro de Alcântara foi fundado em 1670. Nos anos subsequentes, a compra das diversas casas em torno desta permitiu aos religiosos terem a posse de todo um quarteirão, onde construíram um convento inicialmente com cerca de vinte celas.

A igreja foi aberta ao culto em 1685, mantendo-se as principais dependências do edifício em construção ao longo das décadas seguintes. Arruinado com o terramoto de 1755, o convento sofre profundas obras de restauro e reedificação ao longo do restante século XVIII. Extinto por Decreto de 31 de dezembro de 1833, o edifício é cedido à Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, que aí instala um recolhimento.

O Convento dos Cardaes foi fundado por D. Luísa de Távora em 1681 para alojar religiosas da Ordem das Carmelitas Descalças. Em 1703, são terminadas as obras de construção do edifício, que apresenta a igreja paralela à atual Rua do Século e o convento com pátio e claustro encerrado dentro do quarteirão.

O convento, após a morte da última freira em 1876, foi cedido à Congregação das Irmãs Dominicanas de Santa Catarina de Sena para instalação de um asilo para cegas, situação que se mantém até hoje.

O Mosteiro do Santíssimo Sacramento, da Ordem de São Paulo Primeiro Eremita, foi fundado em 1647, tendo sido realizada a sagração da igreja em 1680.

O terramoto de 1755 provocou graves danos na igreja, tendo a abobada de pedra caído. A reconstrução do teto da igreja e da sacristia foi feita em estuque por Giovanni Grossi.

Após a extinção das ordens religiosas, o espaço conventual foi ocupado por serviços militares, tendo a igreja sido entregue ao pároco da freguesia de Santa Catarina em 1835.