Após uma suposta fugaz presença em Portugal no reinado de D. João III, em 1717 a Ordem dos Mínimos consegue autorização para fundar um hospício em Lisboa, numas casas à Pampulha cedidas pela Real Fazenda para o efeito, tornando-se assim o penúltimo cenóbio a instalar-se no eixo Madragoa-Calvário, importante zona de implantação de casas religiosas desde o período medieval.

Contrariamente ao que foi acontecendo ao longo do século XIX com as sucessivamente suprimidas casas religiosas de Lisboa, as diferentes casas do convento foram vendidas a particulares logo a partir de 1835, demolindo-se o bloco correspondente ao antigo hospício e aumentando-se o edifício do noviciado (numa pouco comum intervenção que adicionou um volume de decoração rocaille em plena segunda metade de oitocentos).

O Convento de São João de Deus, da Ordem Hospitaleira de São João de Deus, foi fundado em 1629, tendo sido construído para centralizar a assistência a religiosos, militares e civis. Construído sobre o Convento de São Filipe da Ordem dos Carmelitas Descalços, era constituído pelo convento, de planta em “U” com quatro enfermarias, e igreja anexa.

Com o terramoto de 1755, que destruiu o hospital instalado no Castelo de S. Jorge, o convento foi utilizado como hospital militar até 1802. Após a extinção das Ordens Religiosas, instalaram-se sucessivamente no edifício o quartel da Brigada Real da Marinha, o Tribunal da Corte e o Quartel da Infantaria nº2. Desde 1919 aí se encontra instalado o Centro Clínico da Guarda Nacional Republicana.

O primeiro convento de Carmelitas Descalças do país é fundado em 1584 sob invocação de Santo Alberto. No ano seguinte as religiosas mudam-se para o edifício, sendo eleita prioresa uma discípula de Santa Teresa.

Tanto o convento como a igreja sofreram grandes danos com o terramoto de 1755 e são reconstruídos. Em 1890 o convento é suprimido, na sequência da morte da sua última religiosa. A igreja permanece aberta ao culto, a cerca conventual é cedida para jardim e miradouro públicos (Jardim 9 de Abril) e o edifício ao Museu Nacional de Belas Artes (antecessor do MNAA, então já instalado no contíguo Palácio dos Condes de Alvor). O espólio é distribuído por várias entidades ou vendido. Utilizado pelo museu como armazém, o edifício do convento entra em ruína, sendo demolido em data anterior a 1918. A igreja é mantida e posteriormente integrada no novo edifício do MNAA.

O Convento de Nossa Senhora dos Remédios, da Ordem dos Carmelitas Descalços, foi fundado em 1606. As terras onde o convento foi implantado estavam aforadas pelas Comendadeiras de Santos e foram compradas pelos frades pela quantia de oitocentos e vinte mil réis. A esta vasta propriedade iria ser acrescentada uma nova porção doada por Luís César de Menezes.

Depois da extinção das Ordens religiosas os frades foram recolhidos pela Condessa de Murça no seu palácio, que ficava junto ao convento. O edifício foi requisitado para Quartel da Guarda Nacional em 1835. A igreja manteve-se aberta ao culto e a cerca foi alugada.

Em 1872 o edifício é vendido em hasta pública e a igreja, já abandonada e sem o seu recheio, é transformada numa casa de culto presbiteriano. Em 1898, o conjunto é comprado pela Igreja Católica Apostólica Evangélica que ainda aí se mantém, e parte do convento está alugado à York House.