Em 1276, foi edificada uma ermida dedicada a Nossa Senhora do Funchal, no local onde aparecera uma imagem de Nossa Senhora; em 1536, essa construção medieval foi substituída por uma igreja dedicada a Nossa Senhora da Encarnação, sede da Paróquia entretanto fundada. Tendo sofrido danos consideráveis com o terramoto de 1755, foi reconstruída em estilo barroco. A capela-mor apresenta um retábulo de talha dourada seiscentista e o tecto pintado em brutesco e com medalhão central representando a Virgem. Existem pinturas de Bento Coelho da Silveira e de Pedro Alexandrino e bons painéis de azulejos do século XVIII narrando episódios da vida da Virgem Maria.